Visualisation des Données à l'Aide de GGPlot2

Fonctions R clés

• Fonction clé: geom_jitter()
• arguments clés: color, fill, size, shape. Modifie la couleur, le remplissage, la taille et la forme des points

Préparation des données

• Données de démonstration: ToothGrowth
  • Variable continue : len (longueur des dents). Utilisé sur l’axe des y
  • Variable de regroupement : dose (doses de vitamine C : 0,5, 1 et 2 mg/jour). Utilisé sur l’axe des x.

Tout d’abord, convertir la variable dose d’une variable numérique en une variable discrète de groupes:

data("ToothGrowth")
ToothGrowth$dose <- as.factor(ToothGrowth$dose)
head(ToothGrowth, 3)

##    len supp dose
## 1  4.2   VC  0.5
## 2 11.5   VC  0.5
## 3  7.3   VC  0.5

Chargement des packages R requis

Chargez le package ggplot2 et mettez le thème par défaut à theme_classic() avec la légende en haut du graphique:

library(ggplot2)
theme_set(
  theme_classic() +
    theme(legend.position = "top")
  )

Stripcharts basiques

Nous commençons par initier un graphique nommé e, puis nous allons ajouter des couches. Le code R suivant crée des stripcharts combinés avec des statistiques descriptives (moyenne +/- SD), des boxplots et des violin plots.

• Changer la forme et la couleur des points par groupes
• Ajuster le degré de dispersion: position_jitter(0.2)
• Ajouter des statistiques descriptives:

# Initialiser un ggplot
e <- ggplot(ToothGrowth, aes(x = dose, y = len))

# Stripcharts avec statistiques descriptives
# Changer la couleur par groupe en fonction de dose
e + geom_jitter(aes(shape = dose, color = dose), 
                position = position_jitter(0.2), size = 1.2) +
  stat_summary(aes(color = dose), size = 0.4,
               fun.data="mean_sdl",  fun.args = list(mult=1))+
  scale_color_manual(values =  c("#00AFBB", "#E7B800", "#FC4E07"))

Combiner avec des box plots et des violin plots

# Combiner avec le box plot
e + geom_boxplot() + 
  geom_jitter(position = position_jitter(0.2))

  
# Stripcharts + violin plot + statistiques descriptives
e + geom_violin(trim = FALSE) +
  geom_jitter(position = position_jitter(0.2)) +
  stat_summary(fun.data="mean_sdl",  fun.args = list(mult=1),
               color = "red")

Créer des stripcharts pour plusieurs groupes

Le code R est similaire à ce que nous avons vu dans la section des diagrammes en points. Cependant, pour créer des points jitter décalés, vous devez utiliser la fonction position_jitterdodge() au lieu de position_dodge().

e + geom_jitter(
  aes(shape = supp, color = supp), size = 1.2,
  position = position_jitterdodge(jitter.width = 0.2, dodge.width = 0.8)
  ) +
  stat_summary(
    aes(color = supp), fun.data="mean_sdl", fun.args = list(mult=1), 
    size = 0.4, position = position_dodge(0.8)
    )+
  scale_color_manual(values =  c("#00AFBB", "#E7B800"))

Conclusion

Cet article décrit comment créer des stripcharts à l’aide du package ggplot2.