Comment Simuler la Vision d’un Daltonien dans les Figures R

Installerer colorblindr et ses dépendances

Cette section montre comment installer le package `colorblindr’ et ses dépendances.

0. Installerer devtools, ce qui facilite l’installation de la version de développement des autres packages

if(require(devtools)) install.packages("devtools")

1. Installer cowplot

devtools::install_github("wilkelab/cowplot")

2. Installer colorspace

# pour Windows utilisez ceci
install.packages("colorspace", repos = "http://R-Forge.R-project.org")

# Ou pour MAC OS X /Linux, utilisez ceci : 
URL <- paste0("http://download.r-forge.r-project.org/src/contrib/",
              "colorspace_1.4-0.tar.gz")
devtools::install_url(URL)

3. Installer colorblindr

devtools::install_github("clauswilke/colorblindr")

Charger les packages requis

library(ggplot2)
library(cowplot)
library(colorspace)
library(colorblindr)

Fonctions R clés

Fonctions clés dans le package R colorblindr:

• cvd_grid(): Créer une grille de différentes simulations de déficience de la vision des couleurs d’un graphique.
• edit_colors(): Modifier les couleurs dans le graphique existant. Possibilité de modifier les couleurs dans les graphiques ggplot2 existants, les objets du package grid ou les graphiques de base R.
• scale_colour_OkabeIto() ou scale_color_OkabeIto() et scale_fill_OkabeIto() : Il s’agit d’une échelle qualitative adaptée aux daltoniens, avec huit couleurs différentes.

Créer un ggplot de base

p <- ggplot(iris, aes(Species, Sepal.Length)) +
  geom_boxplot(aes(fill = Species)) +
  theme_minimal() + 
  theme(legend.position = "none")
p

Simulations de déficience de la vision des couleurs

La fonction cvd_grid() peut être utilisée pour montrer rapidement les formes les plus sévères de chaque déficience de vision des couleurs.

cvd_grid(p)

Il est également possible d’éditer un graphique comme suit:

# Utiliser les fonctions deutan, protan ou tritan [dans le package colorspace]
p2 <- edit_colors(p, deutan, sev = 0.7)
cowplot::plot_grid(p, p2)

Palettes compatibles avec les daltoniens

Le package colorblindr est livré avec une échelle de couleurs qui fonctionne mieux pour les personnes ayant une déficience de la vision des couleurs. Vous pouvez l’utiliser pour modifier une couleur ggplot.

Fonctions clés:

• scale_colour_OkabeIto() ou scale_color_OkabeIto()
• scale_fill_OkabeIto()

Par exemple, tapez ceci:

# Figure avant simulation cvd (color vision deficiency)
p3 <- p + scale_fill_OkabeIto()
p3

Figure après la simulation de la déficience de la vision des couleurs:

cvd_grid(p3)

Nouveau flux de travail pour la conception de figures et d’images

1. Faire des figures ou des images
2. Vérifiez les couleurs à l’aide de cvd_grid()
3. Itérer les choix de couleurs jusqu’à ce que les couleurs se distinguent dans toutes les conditions

Plus d’informations ici : Color Universal Design (CUD) - Comment faire des figures et des présentations qui sont convenables pour les personnes daltoniennes

Conclusion

Cet article présente comment simuler le daltonisme dans les figures prêtes à la production à l’aide du package R colorblindr.