Cet article décrit comment créer un beau diagram de Venn ggplot. Il existe plusieurs extensions du package ggplot2 R pour la création de diagramme de Venn dans R, dont les packages ggvenn et ggVennDiagram.
Les deux packages permettent de créer des graphiques de Venn avec 2 à 4 groupes ou dimensions. La principale différence entre les deux paquets est que le paquet “ggvenn” attribue une couleur spécifique à chaque groupe. Le package ggVennDiagram fait correspondre la couleur de remplissage de chaque région à une quantité, ce qui nous permet d’observer visuellement les différences entre les différentes parties.
Vous apprendrez comment créer des diagrammes de Venn dans R en utilisant les fonctions ggvenn et ggVennDiagram.
Sommaire:
Créer une donnée de démonstration
set.seed(20190708)
genes <- paste("gene",1:1000,sep="")
x <- list(
A = sample(genes,300),
B = sample(genes,525),
C = sample(genes,440),
D = sample(genes,350)
)Créer des diagrammes de Venn à l’aide du package R ggVennDiagram
Installez et chargez le package ggVennDiagram
Installer la dernière version de développement:
if (!require(devtools)) install.packages("devtools")
devtools::install_github("gaospecial/ggVennDiagram")Charger:
library("ggVennDiagram")Diagramme de Venn en quatre dimensions
library("ggVennDiagram")
# Graphique par défaut
ggVennDiagram(x)
# Supprimer la couleur de fond des étiquettes
ggVennDiagram(x, label_alpha = 0)
# Changer les noms de catégories
# Changer la couleur de remplissage du dégradé
ggVennDiagram(
x, label_alpha = 0,
category.names = c("Stage 1","Stage 2","Stage 3", "Stage4")
) +
ggplot2::scale_fill_gradient(low="blue",high = "yellow")
Diagramme de Venn en trois dimensions
ggVennDiagram(x[1:3], label_alpha = 0)
Diagramme de Venn en deux dimensions
ggVennDiagram(x[1:2], label_alpha = 0)
Créer des diagrammes de Venn à l’aide du package R ggven
Installer et charger le package ggvenn
Installer la dernière version de développement:
if (!require(devtools)) install.packages("devtools")
devtools::install_github("yanlinlin82/ggvenn")Charger:
library("ggvenn")Diagramme de Venn en quatre dimensions
Notez que, la fonction ggvenn() attribue une couleur spécifique à chaque groupe.
library("ggvenn")
# Graphique par défaut
ggvenn(x)
# Changer les noms de catégories
# Changer la couleur de remplissage
names(x) <- c("Stage 1","Stage 2","Stage 3", "Stage4")
ggvenn(
x,
fill_color = c("#0073C2FF", "#EFC000FF", "#868686FF", "#CD534CFF"),
stroke_size = 0.5, set_name_size = 4
)
Diagramme de Venn en trois dimensions
ggvenn(
x, columns = c("Stage 1", "Stage 2", "Stage 3"),
stroke_size = 0.5
)
Diagramme de Venn en deux dimensions
ggvenn(
x, columns = c("Stage 1", "Stage 2"),
stroke_size = 0.5
)
Conclusion
Cet article décrit comment créer un diagramme de Venn ggplot en utilisant les paquets R ggvern et ggVennDiagram.
Version:
English
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