Types de Lignes dans R : Le Guide Ultime pour les Graphiques R de Base et GGPLOT

Fonctions R clés

• plot(x, y, type = "b", lty = 1, lwd = 1, col = "blue") et lines(x, y, lty = 2, lwd = 1) : Fonctions graphiques de base dans R pour créer des line-plots.

• geom_line(aes(x, y), data = NULL, linetype = "dashed", color = "black", size = 1): Fonction ggplot2 pour créer des line plots.

• scale_linetype_manual(), scale_color_manual()et scale_size_manual() : fonctions ggplot2 pour définir manuellement le type, la couleur et la taille des lignes.

Afficher les différents types de lignes dans R

La liste des types de lignes disponibles dans R, comprend:

0. “blank”, 1. “solid”, 2. “dashed”, 3. “dotted”, 4. “dotdash”, 5. “longdash” et 6. “twodash”.

Le graphique ci-dessous illustre la liste des types de lignes disponibles dans R:

library(ggpubr)
show_line_types()

Modifier le type de trait du graphique basique de R

Format simple de la fonction R lines():

• plot(x, y, type = "l", lty = 1). Créer le cadre principal du graphique basique de R.
• lines(x, y, type = "l", lty = 1). Ajouter des lignes sur le graphique.

Options clés:

• x, y : variables à utiliser pour les axes x et y, respectivement.
• type: afficher les données sous forme de ligne et/ou de point. Valeurs possibles : “l” (affiche les lignes seulement), “p” (montre les points seulement) et “b” (both en anglais, montrer les deux).
• pch et cex : change la forme et la taille des points, respectivement.
• lty, lwd : modifier le type et l’épaisseur de ligne.
• col: changer la couleur du point et de la ligne.
• xlab et `ylab’ : pour les étiquettes des axes x et y, respectivement.

Créez un graphique avec plusieurs lignes et définissez la légende lty. Nous commençons par tracer une première ligne simple avec un type de ligne solide (lty = 1). Ensuite, nous ajoutons une deuxième ligne avec un style de ligne en pointillés (lty = 2). Enfin, nous ajoutons une légende sur le graphique en utilisant la fonction de base R legend(), qui prend les mêmes arguments col et lty que la fonction lines(). L’option cex est utilisée pour définir la taille du texte de la légende.

# 1. Créer quelques variables
x <- 1:10
y1 <- x*x
y2  <- 2*y1

# 2. Tracer une première ligne
plot(x, y1, type = "b", frame = FALSE, pch = 19,
     col = "red", xlab = "x", ylab = "y", 
     lty = 1, lwd = 1)

# 3. Ajouter une deuxième ligne
lines(x, y2, pch = 18, col = "blue", type = "b", 
      lty = 2, lwd = 1)

# 4. Ajouter une légende au graphique et définir la légende de `lty`
legend("topleft", legend = c("Line 1", "Line 2"),
       col = c("red", "blue"), lty = 1:2, cex = 0.8)

Modifier les types de lignes d’un ggplot

Ensemble de données: ToothGrowth

ToothGrowth$dose <- as.factor(ToothGrowth$dose)
head(ToothGrowth, 3)

##    len supp dose
## 1  4.2   VC  0.5
## 2 11.5   VC  0.5
## 3  7.3   VC  0.5

1. Diagramme linéaire de base montrant la valeur moyenne de la longueur des dents (len) en fonction de la dose de vitamine C (dose):

• Calculer la moyenne de la longueur des dents groupées par dose:

library(dplyr)
df <- ToothGrowth %>%
  group_by(dose) %>%
  summarise(len.mean = mean(len))
df

## # A tibble: 3 x 2
##   dose  len.mean
##   <fct>    <dbl>
## 1 0.5       10.6
## 2 1         19.7
## 3 2         26.1

• Créer un line plot unique. Changer l’option de type de ligne en pointillé (“dashed”).

library(ggplot2)
ggplot(data = df, aes(x = dose, y = len.mean, group = 1)) +
  geom_line(linetype = "dashed")+
  geom_point()

2. Créez un line plot pour plusieurs groupes. Modifier les types de lignes par groupes.

• Data:

# Calculez la moyenne de  `len` groupé par `dose` et `supp`
library(dplyr)
df2 <- ToothGrowth %>%
  group_by(dose, supp) %>%
  summarise(len.mean = mean(len))
df2

## # A tibble: 6 x 3
## # Groups:   dose [3]
##   dose  supp  len.mean
##   <fct> <fct>    <dbl>
## 1 0.5   OJ       13.2 
## 2 0.5   VC        7.98
## 3 1     OJ       22.7 
## 4 1     VC       16.8 
## 5 2     OJ       26.1 
## 6 2     VC       26.1

• Line plot:

# Modifier les types de lignes par groupes
ggplot(df2, aes(x = dose, y = len.mean, group = supp)) +
  geom_line(aes(linetype = supp))+
  geom_point()+
  theme(legend.position = "top")

# Modifier les types de lignes + couleurs par groupes 
ggplot(df2, aes(x = dose, y = len.mean, group = supp)) +
  geom_line(aes(linetype = supp, color = supp))+
  geom_point(aes(color = supp))+
  theme(legend.position = "top")

3. Modifier manuellement l’apparence des types de lignes:

• scale_linetype_manual() : modifier les types de lignes
• scale_color_manual() : changer la couleur des lignes
• scale_size_manual() : changer la taille des lignes

Pour pouvoir appliquer ces fonctions, vous devez créer une geom_line, dont les types de lignes, la couleur et la taille doivent être contrôlés par groupes.

# Modifier manuellement le type et la couleur de la ligne
ggplot(df2, aes(x = dose, y = len.mean, group = supp)) +
  geom_line(aes(linetype = supp, color = supp))+
  geom_point(aes(color = supp))+
  scale_linetype_manual(values=c("solid", "dashed"))+
  scale_color_manual(values=c("#00AFBB","#FC4E07"))

Conclusion

• Utilisez les options lty et lwd pour changer le type et l’épaisseur des lignes dans les graphiques de base R:

x <- 1:10; y1 <- x*x; y2  <- 2*y1
# Tracez deux lignes
plot(x, y1, type = "b", pch = 19, col = "red", lty = 1, lwd = 1)
lines(x, y2, pch = 18, col = "blue", type = "b", lty = 2, lwd = 1)
# Ajouter une légende
legend("topleft", legend = c("Line 1", "Line 2"),
       col = c("red", "blue"), lty = 1:2)

• Utilisez les arguments linetype et size dans ggplot2 :

# Créer des données
x <- 1:10; y1 <- x*x; y2  <- 2*y1
df <- data.frame(
  x = c(x, x), y = c(y1, y2),
  grp = as.factor(rep(c("A", "B"), each = 10))
  )
# Plot
library(ggplot2)
ggplot(data = df, aes(x, y, group = grp)) +
  geom_line(aes(linetype = grp))+
  geom_point()