8  R Markdown en VSCode

Palabras clave

R Markdown en VSCode, generación de informes en R, informes dinámicos en R, VSCode para R Markdown, Tutorial de R Markdown

8.1 Introducción

R Markdown es una potente herramienta para crear informes dinámicos que combinan código, narrativa y visualizaciones. En este capítulo, exploraremos cómo configurar y utilizar R Markdown dentro de VSCode para generar informes y documentos reproducibles.



8.2 Requisitos previos

  • Instale las herramientas esenciales para la programación de R en VSCode como se indica en los capítulos anteriores (Capítulo 2 y Capítulo 3).
  • Asegúrese de tener instalado el paquete rmarkdown en R y la extensión vscode-R en VSCode, así como Pandoc para convertir documentos R Markdown a diferentes formatos de salida. Pandoc viene preinstalado con RStudio, pero también puede instalarlo por separado desde el sitio web oficial de Pandoc.

8.3 Creación de un documento R Markdown

Para crear un nuevo documento R Markdown en VSCode, siga estos pasos:

  1. Crear un nuevo archivo: En VSCode, haga clic en File > New File, luego guárdelo con la extensión .Rmd (por ejemplo, report.Rmd).

  2. Añadir cabecera YAML: Comience por añadir un encabezado YAML en la parte superior de su archivo. Esta cabecera define el título del documento, el autor, el formato de salida y otros metadatos.

    ---
title: "Informe de análisis de datos"
author: "Your Name"
date: "2025-02-20"
output: html_document
---

  3. Añadir contenido: Puede mezclar fragmentos de código R, texto y visualizaciones en su documento R Markdown. Utilice tres barras invertidas con {r} para crear un fragmento de código.

    ## Introducción

Este es un ejemplo de un documento R Markdown en VSCode.

```{r}
summary(cars)
```

8.4 Ejecutando Código R en R Markdown

Coloque el cursor dentro de un fragmento de código y utilice los siguientes métodos abreviados:

  • Ejecutar trozo de código: Presione Ctrl + Shift + Enter (Windows/Linux) o Cmd + Shift + Enter (Mac) para ejecutar el chunk actual.
  • Ejecutar línea o selección: Pulsa Ctrl + Enter o Cmd + Enter para ejecutar la línea o líneas de código seleccionadas.

La salida del código se mostrará directamente debajo del fragmento, proporcionando información y resultados inmediatos.

8.5 Generar salida

R Markdown le permite generar documentos en varios formatos, como HTML, PDF y Word. Para crear el documento en VSCode:

  1. Abra la paleta de comandos: Pulse F1 o Ctrl + Mayús + P para abrir la paleta de comandos.
  2. Ejecuta el comando Knit: Escriba rmarkdown: Render y seleccione el formato de salida deseado (por ejemplo, HTML, PDF).
  3. Ver la salida: El documento generado se guardará en el mismo directorio que su archivo .Rmd. Puede ver la salida HTML directamente en su navegador o abrir un documento PDF/Word.

8.6 Personalización de la salida R Markdown

VSCode le permite personalizar la salida de sus documentos R Markdown editando la cabecera YAML o añadiendo parámetros personalizados.

  • Temas y resaltado: Puedes cambiar la apariencia de tu documento especificando diferentes temas y estilos de resaltado en la cabecera YAML.

    output:
  html_document:
    theme: united
    highlight: tango

  • Parametrización: Los documentos R Markdown pueden parametrizarse, lo que permite crear informes dinámicos basados en las entradas del usuario.

    params:
  data_file: "data.csv"

    A continuación, puede utilizar params$data_file dentro de su código R para hacer referencia al archivo especificado.

8.7 Código en línea y texto dinámico

R Markdown admite código en línea para añadir contenido dinámico a su informe. Por ejemplo, puedes incluir la fecha actual o los valores calculados directamente en el texto:

A partir de `{r} Sys.Date()`, el conjunto de datos contiene observaciones `{r} nrow(cars)`.

Esta función es especialmente útil para crear informes reproducibles que se actualizan automáticamente cuando cambian los datos.

8.8 Mejores prácticas para la generación de informes

  • Organice el código en trozos: Divida su código en trozos lógicos y etiquete cada trozo para facilitar su consulta.

    ```{r load-data, echo=FALSE}
data <- read.csv("data.csv")
```

  • Utiliza el caché: Para los cálculos que consumen mucho tiempo, utilice la opción cache = TRUE para evitar volver a ejecutar el código cada vez que knit el documento.

    ```{r model, cache=TRUE}
model <- lm(mpg ~ wt + hp, data = mtcars)
```

  • Ocultar código o salida: Puede controlar la visibilidad del código y la salida utilizando opciones de trozo como echo, results, and include.

    ```{r, echo=FALSE}
plot(mtcars$wt, mtcars$mpg)
```

8.9 Consejos para utilizar R Markdown en VSCode

  • Vista previa en directo: Utilice la extensión Live Preview para ver los cambios en tiempo real mientras edita su documento R Markdown.
  • Plegado de código: VSCode le permite plegar y desplegar trozos de código, lo que facilita la navegación por documentos de gran tamaño.
  • Limpieza y formateo: Utilice los paquetes lintr y styler para dar formato a su código R Markdown con el fin de mantener la legibilidad y la coherencia.

8.10 Ejemplo de contenido de un archivo de documento R Markdown

8.10.1 Código fuente

---
title: 'Ejemplo de Informe para R Markdown'
author: 'Datanovia'
date: '`{r} Sys.Date()`'
output: html_document
---

## Introducción

Este documento R Markdown proporciona una demostración sencilla de cómo utilizar código, texto y visualizaciones para crear un informe interactivo.



## Resumen del conjunto de datos `cars

El conjunto de datos `cars` en R contiene datos de velocidad y distancia de frenado de los años 20. He aquí un resumen de los datos:

```{r}
summary(cars)
```

## Gráfico de dispersión de velocidad vs. Distancia de parada

Creemos un gráfico de dispersión para visualizar la relación entre la velocidad y la distancia de frenado:

```{r}
plot(cars$speed, cars$dist,
     xlab = "Speed (mph)",
     ylab = "Distancia de parada (ft)",
     main = "Speed vs. Distancia de parada")
```

## Conclusión

Este es un ejemplo sencillo de cómo puede utilizar R Markdown para crear informes informativos y visualmente atractivos. Puede mezclar texto, código R y visualizaciones para producir contenido dinámico.

Siéntase libre de añadir más secciones, análisis o visualizaciones a medida que continúe explorando el poder de R Markdown!

8.10.2 Salida de ejecución

Ejecución del documento R Markdown en Vscode

8.11 Conclusión

R Markdown en VSCode proporciona una forma flexible y eficiente de crear informes dinámicos y reproducibles. Puede generar documentos de calidad profesional que integren código, análisis y visualización.