6 Programmation R Interactive dans VSCode

Mots clés

programmation R interactive, R dans VSCode, exécuter du code R dans VSCode, R dans VSCode pour R, httpgd dans VSCode

6.1 Introduction

VSCode fournit un environnement interactif et flexible pour exécuter des scripts R et explorer des données.

Dans ce chapitre, nous allons explorer les différentes façons d’exploiter R dans VSCode pour la programmation R interactive, en nous concentrant sur l’exécution interactive du code et l’exploration des résultats en temps réel.

6.2 Intégration des terminaux R

VSCode vous permet d’exécuter le code R de plusieurs façons, ce qui est pratique pour tester et explorer vos scripts.

Ouvrir un terminal R : Pour démarrer une session de terminal R dans VSCode, utilisez la palette de commandes (Ctrl + Shift + P ou Cmd + Shift + P), then select R: Create R terminal. Ceci ouvrira une session de terminal où vous pourrez exécuter des commandes R de manière interactive. Par défaut, la console standard R s’ouvre.

Terminal R standard

Nous vous suggérons d’utiliser radian pour une meilleure expérience de la console R. Radian améliore l’expérience grâce à des fonctionnalités telles que la coloration syntaxique, l’autocomplétion et une meilleure gestion des morceaux de code.

Terminal R Radian
Attachement automatique au terminal actif : Si l’observateur de session R est actif, il se connectera à la session R dès qu’un nouveau terminal R sera créé. L’état de l’observateur de session est affiché dans la barre d’état.

Statut de l’observateur de session
Exécuter le code sélectionné : Mettez en évidence une ligne ou un bloc de code et appuyez sur Ctrl + Enter (Windows/Linux) ou Cmd + Enter (Mac) pour envoyer le code sélectionné dans le terminal R pour une exécution immédiate.
Exécution ligne par ligne : Placez votre curseur sur une ligne et appuyez sur Ctrl + Enter or Cmd + Enter. Cela vous permet d’exécuter chaque ligne au fur et à mesure que vous progressez dans le code, ce qui est idéal pour le débogage ou les tests.

6.3 Exécution interactive du code R

L’extension vscode-R s’intègre au terminal R, fournissant une interface transparente pour envoyer du code directement au terminal.

Ouvrir un terminal R : Pour démarrer une session de terminal R dans VSCode, utilisez la palette de commandes (Ctrl + Shift + P ou Cmd + Shift + P), then select R: Create R terminal. Ceci ouvrira une session de terminal où vous pourrez exécuter des commandes R de manière interactive. Par défaut, la console standard R s’ouvre.

Nous vous suggérons d’utiliser radian pour une meilleure expérience de la console R. Radian améliore l’expérience grâce à des fonctionnalités telles que la coloration syntaxique, l’autocomplétion et une meilleure gestion des morceaux de code.
Attachement automatique au terminal actif : Si l’observateur de session R est actif, il se connectera à la session R dès qu’un nouveau terminal R sera créé. L’état de l’observateur de session est affiché dans la barre d’état.

6.4 En utilisant des terminaux R autogérés

Les terminaux R autogérés sont utilisés lorsque vous devez maintenir des sessions R après avoir fermé VSCode. Sous Linux et macOS, des outils comme screen et tmux peuvent aider à garder les sessions R et les autres programmes de terminal actifs.

Utiliser screen ou tmux : Ces outils vous permettent d’exécuter des sessions de terminal persistantes qui restent actives même si vous fermez votre fenêtre VSCode ou si vous vous déconnectez du serveur. Cette fonction est particulièrement utile pour exécuter de longs computnels.
Démarrer une session R dans tmux : Ouvrez un terminal et tapez tmux pour démarrer une nouvelle session. Lancez ensuite R (ou radian) comme d’habitude. Vous pouvez vous détacher de l tmux session by pressing Ctrl + B followed by D, and reattach later by typing tmux attach.
Configuration pour les terminaux autogérés : Pour avoir des terminaux R autogérés se comportant comme ceux gérés par VSCode, ajoutez ce qui suit à votre configuration ~/.Rprofile:
```
if (interactive() && Sys.getenv("RSTUDIO") == "") {
  Sys.setenv(TERM_PROGRAM = "vscode")
  source(file.path(Sys.getenv(
    if (.Platform$OS.type == "windows") "USERPROFILE" else "HOME"
  ), ".vscode-R", "init.R"))
}
```
Après avoir ajouté cette extension, le démarrage d’un terminal R signalera à l’observateur de session de s’attacher à la session R.

6.5 Graphiques et visualisation interactifs

6.5.1 Visualiser des graphiques avec `httpgd`

Le package httpgd est un excellent moyen de visualiser vos graphiques de manière interactive dans VSCode. Il crée un dispositif graphique qui sert des graphiques via HTTP, qui peuvent être visualisés directement dans VSCode.

Activer le viewer de graphique : Installez httpgd dans R avec install.packages('httpgd'), et activez-le dans VSCode en configurant 'r.plot.useHttpgd' : true dans votre fichier settings.json.
Interaction avec les graphiques : Lorsque vous utilisez httpgd, toutes les commandes de graphiques que vous exécutez seront mises à jour dans le viewer de graphiques de VSCode, vous donnant un moyen interactif d’explorer et d’affiner vos visualisations.

Viewer de graphiques

6.5.2 Utiliser le viewer de graphiques

Le viewer de graphiques intégré dans VSCode rend facile l’interaction avec vos visualisations.

Vous pouvez zoomer, exporter ou même copier des images à partir du viewer.
Il suffit de cliquer sur le graphique dans le panneau du viewer pour interagir avec lui, offrant ainsi une expérience améliorée pour l’exploration des données.

6.6 En utilisant R Markdown pour une analyse reproductible

R Markdown est un moyen pratique de combiner le code, les résultats et les commentaires en un seul endroit. VSCode, avec l’extension vscode-R, offre un support complet pour l’exécution et la prévisualisation de documents R Markdown.

Exécuter des morceaux de code : En utilisant Ctrl + Alt + Enter (Windows/Linux) ou Cmd + Option + Enter (Mac) pour exécuter des morceaux de code individuels à l’intérieur d’un fichier R Markdown.
Prévisualisation de la sortie : Vous pouvez prévisualiser la sortie dans le viewer VSCode, ou rendre le document entier en lançant rmarkdown::render('votre_fichier.Rmd') dans le terminal.

6.7 Débogage et exploration des données

Les fonctions interactives de VSCode rendent le débogage et l’exploration des données plus intuitifs.

6.7.1 Outils de débogage

Setting Breakpoints : Vous pouvez configurer des points d’arrêt dans vos scripts R en cliquant dans la marge gauche de l’éditeur, ce qui rend facile la mise en pause de l’exécution et l’inspection des variables.
Utiliser vscDebugger : Installez le package vscDebugger et l’extension VSCode correspondante (vscode-R-debugger) pour permettre des capacités de débogage complètes, telles que l’exploration du code, l’inspection des variables et l’évaluation des expressions pendant l’exécution. Voir le chapitre Chapitre 2 pour configurer Vscode pour la programmation R.

6.7.3 Viewer de l’espace de travail

Le viewer de l’espace de travail affiche des informations sur les objets de l’environnement global de la session R attachée.

Afficher ou supprimer des objets : Vous pouvez visualiser des objets en envoyant View(obj) au terminal ou les supprimer en envoyant rm(...) au terminal.
Structures imbriquées : Pour afficher le deuxième niveau des structures imbriquées, telles que les éléments d’une liste ou les colonnes d’un data frame, vous pouvez ajouter l’option suivante:
```
options(vsc.str.max.level = 2)
```
Viewer de l’espace de travail

6.7.4 Viewer des pages d’aide

Le viewer des pages d’aide propose plusieurs options pour travailler avec les pages d’aide, les rubriques et les packages.

6.7.5 Gestion des packages

Dans le viewer des pages d’aide, vous pouvez installer et supprimer des packages. Une pression sur n’importe quelle touche déclenche le mode recherche, ce qui vous permet de trouver facilement un package par son nom.

Le viewer de pages d’aide fournit un moyen facile d’accéder aux pages d’aide, d’installer/supprimer des packages, et de naviguer à travers la documentation des packages.

6.8 Conclusion

La maîtrise de la programmation R dans VSCode améliore significativement votre productivité, en particulier pour l’exploration des données et la visualisation en temps réel. Que vous exécutiez des scripts R dans un terminal standard ou autogéré, que vous exploriez des ensembles de données, que vous visualisiez des graphiques de manière interactive ou que vous gériez des packages à partir de la barre latérale de VSCode, ce flux de travail intégré vous permet d’être plus efficace en tant que scientifique ou développeur de données. La combinaison de la programmation dans VSCode, de l’extension vscode-R, et d’outils comme httpgd et radian fournit un environnement riche en fonctionnalités pour une programmation R transparente.