Computationnels

Introduction

Ce guide fournit les éléments essentiels pour intégrer R dans Quarto. Parfait pour les utilisateurs de R de tous niveaux, ce tutoriel aborde les points suivants:

  • Setup : Etapes rapides pour installer rmarkdown et préparer votre environnement.
  • Exécution du code : Apprenez à exécuter et à contrôler des blocs de code R dans vos documents Quarto.
  • Code en ligne : Incorporer du code R dynamique dans votre texte pour des mises à jour en temps réel.
  • Fonctionnalités avancées : Explorez les options des blocs et le formatage pour améliorer vos documents.


Prérequis

Installer le package R rmarkdown.

install.packages("rmarkdown")

Bloc de code

Syntaxe des blocs de code R exécutables: ```{r}. Exemple:

---
title: "Code R"
---

Exemple de code: 

```{r}
print("Hellow World")
```

Code en ligne

  • Incorporer du code live dans le markdown avec une simple coche (`) au lieu d’une triple coche (```).
  • Exemple : Configurer radius dans un bloc de code et le référencer dans le texte avec du code inline.
```{r}
radius <- 5
```

Le rayon du cercle est de `{r} radius`

Utiliser la fonction I() pour la syntaxe markdown dans les expressions inline:

Ceci est `{r} I("**bold**")`

Rendu

Lire le rendu des documents Quarto contenant des blocs de code Python ou R.

Options Chunk

Dans Quarto, les options de chunk sont placées dans les commentaires en haut des chunks de code, et non dans la ligne de début de chunk:

```{r}
#| echo: false
#| fig-cap: "Qualité de l'air"

library(ggplot2)
ggplot(airquality, aes(Temp, Ozone)) + 
  geom_point() + 
  geom_smooth(method = "loess", se = FALSE)
```

Les options utilisent la syntaxe YAML, avec !expr pour le code R dans les valeurs comme suit:

#| fig-cap: !expr 'paste("Air", "Quality")'

Formats de sortie

Dans Quarto, utilisez la syntaxe des blocs de code R exécutables format key instead of output:

R Markdown

title: "Mon document"
output:
  html_document:
    toc: true
    number_sections: true
    css: styles.css

Quarto

title: "Mon document"
format:
  html:
    toc: true
    number-sections: true
    css: styles.css

Quarto s’aligne sur Pandoc, en utilisant - dans les options.

Data frame

Contrôle l’impression par défaut des data frames dans votre document avec l’option df-print. Les choix incluent:

  • default: Utilise la méthode S3 standard du data frame.
  • kable: Génère un tableau Markdown via knitr::kable().
  • tibble: Affiche un tableau en texte brut avec le package tibble.
  • paged: Crée un tableau HTML avec pagination pour les données volumineuses via rmarkdown::paged_table().

Pour configurer l’impression paged pour les data frames:

---
title: "Document"
format: 
   html:
     df-print: paged
---

Options Knitr

Pour l’exécution Knitr, configurer les [options] (https://yihui.org/knitr/options/) par défaut du chunk dans YAML:

---
title: "Mon document"
format: html
knitr:
  opts_chunk: 
    collapse: true
    comment: "#>"
    R.options:
      knitr.graphics.auto_pdf: true
---

Utiliser opts_knit pour configurer les options globales. R.options configure les [options()] (https://rdrr.io/r/base/options.html) temporaires de R avant l’exécution. Appliquer ces paramètres à l’ensemble du document ou dans un projet _quarto.yml or _metadata.yml.

Références